朱熹早年出入佛、道。31歲正式拜程頤的三傳弟子李侗為師，專心儒學，成為程顥、程頤之后儒學的重要人物。淳熙二年（1175年），朱熹與呂祖謙、陸九淵等會于江西上饒鉛山鵝湖寺，是為著名的鵝湖之會，朱陸分歧由此更加明確。朱熹在“白鹿國學”的基礎上，建立白鹿洞書院，訂立《學規》，講學授徒，宣揚道學。在潭州（今湖南長沙）修復岳麓書院，講學以窮理致知、反躬踐實以及居敬為主旨。他繼承二程，又獨立發揮，形成了自己的體系，后人稱為程朱理學。朱熹在任地方官期間，力主抗金 ，恤民省賦，節用輕役，限制土地兼并和高利盤剝，并實行某些改革措施，也參加了鎮壓農民起義的活動。朱熹在從事教育期間，對于經學、史學、文學、佛學、道教以及自然科學，都有所涉獵或有著述，著作廣博宏富。
相傳朱松曾求人算命。卜者說：“富也只如此，貴也只如此，生個小孩兒，便是孔夫子。”恐是后人附會，朱熹學成大儒則是事實。建陽近鄰有個南劍州（后延平府今南平市），是道學最初在南方的傳播中心，朱松十分熱衷道學，與當地道學家交往甚密。這種環境對朱熹的一生有著深刻的影響。 他師承當時的洛學一脈“南劍三先生”李侗的教誨，開創閩學，集理學之大成，與“南劍三先生”并稱為“延平四賢”。
朱熹晚年定居建陽考亭講學，四方學子不遠千里前來求學，研究理學，著書立說，與蔡元定等創建學術史上令人矚目的“考亭學派”，考亭也因此喻為“南閩闕里”，建陽稱為“理學之鄉”，也因朱熹、蔡元定、劉爚、黃干、熊禾、游九言、葉味道史稱“七賢過化”之鄉。如今每年清明節前后，遠在美日韓及港澳臺等海外朱子后裔都會前來祭祀拜謁，他所創立的南宋理學迄今仍被美國、日本、韓國、馬來西來等國推崇。
朱熹受教于父，聰明過人。四歲時其父指天說：“這是天。”朱熹則問：“天上有何物？”其父大驚。他勤于思考，學習長進，八歲便能讀懂《孝經》，在書題字自勉曰：“苦不如此，便不成人。”朱熹十歲時父親去世，其父好友劉子、劉勉子、胡憲三人皆是道學家。當時的道學家一部分排佛，一部分醉心學佛，他們皆屬后者。因此朱熹既熱衷于道學，同時于佛學也有濃厚興趣。紹興十七年（1147年），十八的朱熹參加鄉貢，據說就是以佛學禪宗的學說被錄取的。主考官蔡茲還對人說：“吾取一后生，三策皆欲為朝廷措置大事，他日必非常人。”
紹興十八年（1148年），朱熹考中進士，三年被派任泉州同安縣主簿，從此開始仕途生涯。赴任途中拜見了著名的“南劍三先生”道學家程頤的再傳弟子李侗。紹興三十年（1160年），三十歲的朱熹決心向李侗求學，為表誠意，他步行幾百里從崇安走到延平。李侗非常欣賞這個學生，替他取一字曰元晦。從此，朱熹開始建立自己的一套客觀唯心主義思想——理學。
朱熹認為在超現實、超社會之上存在一種標準，它是人們一切行為的標準，即“天理”。只有去發現（格物窮理）和遵循天理，才是真、善、美。而破壞這種真、善、美的是“人欲”。因此，他提出“存在理，滅人欲”。這就是朱熹客觀唯心主義思想的核心。淳熙三年（1176年），朱熹與當時著名學者陸九淵相會于江西上饒鵝湖寺，交流思想。但陸屬主觀唯心論，他認為人們心中先天存在著真、善、美，主張“發明本心”，即要求人們自己在心中去發現真、善、美，達到自我完善。這與朱的客觀唯心說的主張不同。因此，二人辯論爭持，以至互相嘲諷，不歡而散。這就是中國思想史上有名的“鵝湖會”。從此有了“理學”與“心學”兩大派別。
紹興三十一年（1161年）秋，宋金關系緊張，金統治者完顏亮分兵四路南進，馬踏長江北岸。宋高宗準備出海南逃，由于右相陳康伯竭力勸阻而作罷。不久宋軍擊潰金兵，消息傳至當時朱熹求學的延平，朱熹為民族的勝利欣喜若狂，寫下了慶賀的詩篇，表達他不可抑制的喜悅心情。同時，他又給負責軍事的大臣寫信，指出必須乘勝出擊，坐視中原而不進取是不明智的。不久高宗退位，孝宗繼立，在廣大軍民要求的壓力下，起用了抗戰派張浚，平反了岳飛的冤案，貶退了秦檜黨人，朱熹這時上奏孝宗，提了三項建議：
（一）講求格物致知之學；
（二）罷黜和議；
（三）任用賢能。在奏章中鮮明表達了他的反和主張。
這一奏章使朱熹得幸被召。他趕至臨安，正值宋軍失利，朝廷派人議和，朱熹仍強烈反對，在孝宗接見時連上幾道奏章，慷慨陳詞。孝宗有感朱熹的忠心，命其為開學博士侍次，此職非其所長，未免有點諷刺。朱熹乘機面見張浚，提出北伐中原的具體想法。但不久張浚罷相，出任外地，病死途中。朱熹專程趕至豫章（今南昌）哭靈，痛惜抗金受挫。此時朝廷內主和派勢力猖獗，金兵渡過淮水。朱熹對此憂心如焚，但難有所為。隆興元年（1163年），朱熹回福建崇安，臨行前在給友人的信中寫道：“夫沮（阻）國家恢復之大計者，講和之說也；壞邊陲備御之常規者，講和之說也；內（拂）吾民忠義之心，而外絕故國來蘇之望者，講和之說也……尖銳地抨擊了那些議和投降派。
1164年，金朝打壓宋朝，隆興協議之后，宋金結為侄叔，關系暫時緩和下來，朱熹便一頭鉆進理學中去了。他在故里修起“寒泉精舍”，住此十余年，編寫了大量的道學書籍，并從事講學活動，生徒盈門。這一期間他對朝廷屢詔不應。
1178年朱熹東山再起，出任“知南康軍”，盡管他重新入仕，卻未忘自己的學者身份。在廬山唐代李渤隱居舊址，建立“白鹿洞書院”進行講學，并制定一整套學規。即：
“父子有親、君臣有義、夫婦有別、長幼有序、朋友有信”的“五教之目”。
“博學之，審問之，謹思之，明辨之，篤行之”的“為學之序”。
“言忠信，行篤敬，懲忿窒欲，遷善改過”的“修身之要”。
“政權其義不謀其利，明其道不計其功”的“處事之要”。
“己所不欲，勿施于人，行有不得，反求諸己”的“接物之要”。
這個“白鹿洞書院”后來成為我國著名的四大書院之一，而其“學規”則成為各書院的楷模，對后世產生了巨大影響。
1181年朱熹解職回鄉，在武夷山修建“武夷精舍”，廣召門徒，傳播理學。為了幫助人們學習儒家經典，他又于儒家經典中精心節選出“四書”（《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》），并刻印發行。這是教育史上的一件大事。“四書影響深遠，后來成為封建教育的教科書，使儒家思想成為全面控制中國封建社會的思想。
1193年朱熹任職于湖南，不顧政務纏身，又主持修復了四大書院之一的另一著名書院──岳麓書院。使之與白鹿洞書院一樣，成為朱熹講學授徒、傳播理學的場所。書院在南宋盛行，幾乎取代官學，這種盛況是與朱熹的提倡直接有關的。
朱熹一生雖然為官時間不長，但總是努力設法緩和社會矛盾，或多或少地為下層人民辦好事。他退居崇安時期，崇安因水災發生饑荒，爆發農民起義。有鑒于此，朱熹主張設“社倉”，以官粟為本，“俾愿貸者出息什二，……歲或不幸小饑，則馳半息，大俊則盡”。設立社倉的目的是為了防止地主豪紳在災荒時期用高利貸剝削農民，無疑是有惠于民的。此后，朱熹并在多處推行。1178年朱熹任“知南康軍”（今江西星子一帶），上任不久發生災荒，朱熹上疏要求減免租稅。同時，請求政府興修長江石堤，一方面解決石堤失修問題，另一方面可以雇用饑民，解決他們缺食問題，饑民稱善。
1190年朱熹知福建漳州，時值土地兼并盛行，官僚地主倚勢吞并農民耕地，而稅額沒有隨地劃歸地主，至使“田稅不均”，失地農民受到更為沉重的剝削，階級矛盾激化。為此，朱熹提出“經界”，即核實田畝，隨地納稅。這一建議勢必減輕農民負擔，損害大地主的利益，所以遭到后者的強烈反對。“經界”終于未能推行，朱熹憤怒不已，辭職離去，以示抗議。
朱熹的一生志在樹立理學，使之成為統治思想。但因理學初出，影響不深。同時，朱熹在官場上因品性耿直而得罪權臣，致使朱熹晚年落得一個悲劇的結局。
1181年8月浙東饑荒，朱熹由宰相王淮推薦任提舉兩浙東路常平茶鹽公事。途經杭州，入對七札，陳述時弊。到職后，微服下訪，調查時弊和貪官污吏的劣跡，彈劾了一批貪官以及大戶豪右。他不徇私情，牽連攻擊了王淮等人。于是，王淮指使人上書抨擊理學，斥其為“偽學”，朱熹被解職還鄉。
1187的朱熹出任江南西路提點刑獄公事，管理贛州（贛縣）江州（九江）一帶地方的司法、刑獄、監察、農事等方面事務。不久王淮罷去，理學一時得勢，朱熹更是仕途順利。幾年后受當時南宋宰相趙汝愚推薦，當上煥章閣侍制兼侍講，即皇帝的顧問和教師。剛即位不久的南宋寧宗全面肯定了理學，稱朱為“儒宗”，這反映了偏安江南的南宋企圖以理學加強內部團結的希望。朱熹為寧宗進講《大學》，每逢雙日早晚進講，但他借此機會對朝政多有批評，終于使寧宗不滿，加以干預朝政的罪名，被逐出朝廷。
慶元元年（1195年）朱熹在朝廷的支持者趙汝愚受韓侂胄排擠被罷相位，韓勢盛極一時。韓因朱熹曾參與趙汝愚攻擊自己的活動，于是發動了一場抨擊“理學”的運動。慶元二年葉翥上書，要求把道學家的書“除毀”，科舉取士，凡涉程朱義理不取。監察御史沈繼祖乘機指控朱熹十罪，請斬。朱熹的得意門生蔡元定被逮捕，解送道州。一時理學威風掃地，被斥為“偽學”，朱熹被斥為“偽師”，學生被斥為“偽徒”。寧宗一改舊態，下詔命凡薦舉為官，一律不取“偽學”之士。
慶元六年（1200年）三月初九，朱熹終于在建陽家里憂憤而死，享年七十一歲。臨死還在修改《大學誠意章》，可見他是如何矢志于樹立自己的理學，然而生前終未如愿。
朱熹的主要哲學著作有《四書章句集注》、《四書或問》、《太極圖說解》、《通書解》、《西銘解》、《周易本義》、《易學啟蒙》等。此外有《朱子語類》，是他與弟子們的問答錄。
哲學思想
■理氣論
朱熹繼承周敦頤、二程，兼采釋、道各家思想，形成了一個龐大的哲學體系。這一體系的核心范疇是“理”，或稱“道”、“太極”。朱熹所謂的理，有幾方面互相聯系的含義：①理是先于自然現象和社會現象的形而上者。②理是事物的規律。③理是倫理道德的基本準則。朱熹又稱理為太極，是天地萬物之理的總體，即總萬理的那個理。“太極只是一個理字”。太極既包括萬物之理，萬物便可分別體現整個太極。這便是人人有一太極，物物有一太極。每一個人和物都以抽象的理作為它存在的根據，每一個人和物都具有完整的理，即“理一”。氣是朱熹哲學體系中僅次于理的第二個范疇。它是形而下者，是有情、有狀、有跡的；它具有凝聚、造作等特性。它是鑄成萬物的質料。天下萬物都是理和質料相統一的產物。朱熹認為理和氣的關系有主有次。理生氣并寓于氣中，理為主，為先，是第一性的，氣為客，為后，屬第二性。
■動靜觀
朱熹主張理依氣而生物，并從氣展開了一分為二、動靜不息的生物運動，這便是一氣分做二氣，動的是陽，靜的是陰，又分做五氣（金、木、水、火、土），散為萬物。一分為二是從氣分化為物過程中的重要運動形態。朱熹認為由對立統一，而使事物變化無窮。他探討了事物的成因，把運動和靜止看成是一個無限連續的過程。時空的無限性又說明了動靜的無限性，動靜又是不可分的。這表現了朱熹思想的辯證法觀點。朱熹還認為動靜不但相對待、相排斥，并且相互統一。朱熹還論述了運動的相對穩定和顯著變動這兩種形態，他稱之為“變”與“化”。他認為漸化中滲透著頓變，頓變中滲透著漸化。漸化積累，達到頓變。
■格物致知論
朱熹用《大學》“致知在格物”的命題，探討認識領域中的理論問題。在認識來源問題上，朱熹既講人生而有知的先驗論，也不否認見聞之知。他強調窮理離不得格物，即格物才能窮其理。朱熹探討了知行關系。他認為知先行后，行重知輕。從知識來源上說，知在先；從社會效果上看，行為重。而且知行互發，“知之愈明，則行之愈篤；行之愈篤，則知之益明”。
■心性理欲論
在人性論上，朱熹發揮了張載和程頤的天地之性與氣質之性的觀點，認為“天地之性”或“天命之性”專指理言，是至善的、完美無缺的；“氣質之性”則以理與氣雜而言，有善有不善，兩者統一在人身上，缺一則“做人不得”。與“天命之性”和“氣質之性”有聯系的，還有“道心、人心”的理論。朱熹認為，“道心”出于天理或性命之正，本來便稟受得仁義禮智之心，發而為惻隱、羞惡、是非、辭讓，則為善。“人心”出于形氣之私，是指饑食渴飲之類。如是，雖圣人亦不能無人心。不過圣人不以人心為主，而以道心為主。他認為“道心”與“人心”的關系既矛盾又聯結，“道心”需要通過“人心”來安頓，“道心”與“人心”還有主從關系，“人心”須聽命于“道心”。朱熹從心性說出發，探討了天理人欲問題 。他以為人心有私欲，所以危殆；道心是天理，所以精微。因此朱熹提出了“遏人欲而存天理”的主張。朱熹承認人們正當的物質生活欲望，反對佛教籠統地倡導無欲，他反對超過延續生存條件的物質欲望。
■美學思想
朱熹的哲學體系中含有藝術美的理論。他認為美是給人以美感的形式和道德善的統一。基于美是外在形式的美和內在道德的善相統一的觀點，朱熹探討了文與質、文與道的問題。認為文與質、文與道和諧統一才是完美的。朱熹還多次談到樂的問題。他把樂與禮聯系起來，貫穿了他把樂納入禮以維護統治秩序的理學根本精神。朱熹對“文”、“道”關系的解決，在哲學思辨的深度上超過了前人。他對《詩經》與《楚辭》的研究，也經常表現出敏銳的審美洞察力。
相傳朱松曾求人算命。卜者說：“富也只如此，貴也只如此，生個小孩兒，便是孔夫子。”恐是后人附會，朱熹學成大儒則是事實。建陽近鄰有個南劍州（后延平府今南平市），是道學最初在南方的傳播中心，朱松十分熱衷道學，與當地道學家交往甚密。這種環境對朱熹的一生有著深刻的影響。 他師承當時的洛學一脈“南劍三先生”李侗的教誨，開創閩學，集理學之大成，與“南劍三先生”并稱為“延平四賢”。
朱熹晚年定居建陽考亭講學，四方學子不遠千里前來求學，研究理學，著書立說，與蔡元定等創建學術史上令人矚目的“考亭學派”，考亭也因此喻為“南閩闕里”，建陽稱為“理學之鄉”，也因朱熹、蔡元定、劉爚、黃干、熊禾、游九言、葉味道史稱“七賢過化”之鄉。如今每年清明節前后，遠在美日韓及港澳臺等海外朱子后裔都會前來祭祀拜謁，他所創立的南宋理學迄今仍被美國、日本、韓國、馬來西來等國推崇。
朱熹受教于父，聰明過人。四歲時其父指天說：“這是天。”朱熹則問：“天上有何物？”其父大驚。他勤于思考，學習長進，八歲便能讀懂《孝經》，在書題字自勉曰：“苦不如此，便不成人。”朱熹十歲時父親去世，其父好友劉子、劉勉子、胡憲三人皆是道學家。當時的道學家一部分排佛，一部分醉心學佛，他們皆屬后者。因此朱熹既熱衷于道學，同時于佛學也有濃厚興趣。紹興十七年（1147年），十八的朱熹參加鄉貢，據說就是以佛學禪宗的學說被錄取的。主考官蔡茲還對人說：“吾取一后生，三策皆欲為朝廷措置大事，他日必非常人。”
紹興十八年（1148年），朱熹考中進士，三年被派任泉州同安縣主簿，從此開始仕途生涯。赴任途中拜見了著名的“南劍三先生”道學家程頤的再傳弟子李侗。紹興三十年（1160年），三十歲的朱熹決心向李侗求學，為表誠意，他步行幾百里從崇安走到延平。李侗非常欣賞這個學生，替他取一字曰元晦。從此，朱熹開始建立自己的一套客觀唯心主義思想——理學。
朱熹認為在超現實、超社會之上存在一種標準，它是人們一切行為的標準，即“天理”。只有去發現（格物窮理）和遵循天理，才是真、善、美。而破壞這種真、善、美的是“人欲”。因此，他提出“存在理，滅人欲”。這就是朱熹客觀唯心主義思想的核心。淳熙三年（1176年），朱熹與當時著名學者陸九淵相會于江西上饒鵝湖寺，交流思想。但陸屬主觀唯心論，他認為人們心中先天存在著真、善、美，主張“發明本心”，即要求人們自己在心中去發現真、善、美，達到自我完善。這與朱的客觀唯心說的主張不同。因此，二人辯論爭持，以至互相嘲諷，不歡而散。這就是中國思想史上有名的“鵝湖會”。從此有了“理學”與“心學”兩大派別。
紹興三十一年（1161年）秋，宋金關系緊張，金統治者完顏亮分兵四路南進，馬踏長江北岸。宋高宗準備出海南逃，由于右相陳康伯竭力勸阻而作罷。不久宋軍擊潰金兵，消息傳至當時朱熹求學的延平，朱熹為民族的勝利欣喜若狂，寫下了慶賀的詩篇，表達他不可抑制的喜悅心情。同時，他又給負責軍事的大臣寫信，指出必須乘勝出擊，坐視中原而不進取是不明智的。不久高宗退位，孝宗繼立，在廣大軍民要求的壓力下，起用了抗戰派張浚，平反了岳飛的冤案，貶退了秦檜黨人，朱熹這時上奏孝宗，提了三項建議：
（一）講求格物致知之學；
（二）罷黜和議；
（三）任用賢能。在奏章中鮮明表達了他的反和主張。
這一奏章使朱熹得幸被召。他趕至臨安，正值宋軍失利，朝廷派人議和，朱熹仍強烈反對，在孝宗接見時連上幾道奏章，慷慨陳詞。孝宗有感朱熹的忠心，命其為開學博士侍次，此職非其所長，未免有點諷刺。朱熹乘機面見張浚，提出北伐中原的具體想法。但不久張浚罷相，出任外地，病死途中。朱熹專程趕至豫章（今南昌）哭靈，痛惜抗金受挫。此時朝廷內主和派勢力猖獗，金兵渡過淮水。朱熹對此憂心如焚，但難有所為。隆興元年（1163年），朱熹回福建崇安，臨行前在給友人的信中寫道：“夫沮（阻）國家恢復之大計者，講和之說也；壞邊陲備御之常規者，講和之說也；內（拂）吾民忠義之心，而外絕故國來蘇之望者，講和之說也……尖銳地抨擊了那些議和投降派。
1164年，金朝打壓宋朝，隆興協議之后，宋金結為侄叔，關系暫時緩和下來，朱熹便一頭鉆進理學中去了。他在故里修起“寒泉精舍”，住此十余年，編寫了大量的道學書籍，并從事講學活動，生徒盈門。這一期間他對朝廷屢詔不應。
1178年朱熹東山再起，出任“知南康軍”，盡管他重新入仕，卻未忘自己的學者身份。在廬山唐代李渤隱居舊址，建立“白鹿洞書院”進行講學，并制定一整套學規。即：
“父子有親、君臣有義、夫婦有別、長幼有序、朋友有信”的“五教之目”。
“博學之，審問之，謹思之，明辨之，篤行之”的“為學之序”。
“言忠信，行篤敬，懲忿窒欲，遷善改過”的“修身之要”。
“政權其義不謀其利，明其道不計其功”的“處事之要”。
“己所不欲，勿施于人，行有不得，反求諸己”的“接物之要”。
這個“白鹿洞書院”后來成為我國著名的四大書院之一，而其“學規”則成為各書院的楷模，對后世產生了巨大影響。
1181年朱熹解職回鄉，在武夷山修建“武夷精舍”，廣召門徒，傳播理學。為了幫助人們學習儒家經典，他又于儒家經典中精心節選出“四書”（《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》），并刻印發行。這是教育史上的一件大事。“四書影響深遠，后來成為封建教育的教科書，使儒家思想成為全面控制中國封建社會的思想。
1193年朱熹任職于湖南，不顧政務纏身，又主持修復了四大書院之一的另一著名書院──岳麓書院。使之與白鹿洞書院一樣，成為朱熹講學授徒、傳播理學的場所。書院在南宋盛行，幾乎取代官學，這種盛況是與朱熹的提倡直接有關的。
朱熹一生雖然為官時間不長，但總是努力設法緩和社會矛盾，或多或少地為下層人民辦好事。他退居崇安時期，崇安因水災發生饑荒，爆發農民起義。有鑒于此，朱熹主張設“社倉”，以官粟為本，“俾愿貸者出息什二，……歲或不幸小饑，則馳半息，大俊則盡”。設立社倉的目的是為了防止地主豪紳在災荒時期用高利貸剝削農民，無疑是有惠于民的。此后，朱熹并在多處推行。1178年朱熹任“知南康軍”（今江西星子一帶），上任不久發生災荒，朱熹上疏要求減免租稅。同時，請求政府興修長江石堤，一方面解決石堤失修問題，另一方面可以雇用饑民，解決他們缺食問題，饑民稱善。
1190年朱熹知福建漳州，時值土地兼并盛行，官僚地主倚勢吞并農民耕地，而稅額沒有隨地劃歸地主，至使“田稅不均”，失地農民受到更為沉重的剝削，階級矛盾激化。為此，朱熹提出“經界”，即核實田畝，隨地納稅。這一建議勢必減輕農民負擔，損害大地主的利益，所以遭到后者的強烈反對。“經界”終于未能推行，朱熹憤怒不已，辭職離去，以示抗議。
朱熹的一生志在樹立理學，使之成為統治思想。但因理學初出，影響不深。同時，朱熹在官場上因品性耿直而得罪權臣，致使朱熹晚年落得一個悲劇的結局。
1181年8月浙東饑荒，朱熹由宰相王淮推薦任提舉兩浙東路常平茶鹽公事。途經杭州，入對七札，陳述時弊。到職后，微服下訪，調查時弊和貪官污吏的劣跡，彈劾了一批貪官以及大戶豪右。他不徇私情，牽連攻擊了王淮等人。于是，王淮指使人上書抨擊理學，斥其為“偽學”，朱熹被解職還鄉。
1187的朱熹出任江南西路提點刑獄公事，管理贛州（贛縣）江州（九江）一帶地方的司法、刑獄、監察、農事等方面事務。不久王淮罷去，理學一時得勢，朱熹更是仕途順利。幾年后受當時南宋宰相趙汝愚推薦，當上煥章閣侍制兼侍講，即皇帝的顧問和教師。剛即位不久的南宋寧宗全面肯定了理學，稱朱為“儒宗”，這反映了偏安江南的南宋企圖以理學加強內部團結的希望。朱熹為寧宗進講《大學》，每逢雙日早晚進講，但他借此機會對朝政多有批評，終于使寧宗不滿，加以干預朝政的罪名，被逐出朝廷。
慶元元年（1195年）朱熹在朝廷的支持者趙汝愚受韓侂胄排擠被罷相位，韓勢盛極一時。韓因朱熹曾參與趙汝愚攻擊自己的活動，于是發動了一場抨擊“理學”的運動。慶元二年葉翥上書，要求把道學家的書“除毀”，科舉取士，凡涉程朱義理不取。監察御史沈繼祖乘機指控朱熹十罪，請斬。朱熹的得意門生蔡元定被逮捕，解送道州。一時理學威風掃地，被斥為“偽學”，朱熹被斥為“偽師”，學生被斥為“偽徒”。寧宗一改舊態，下詔命凡薦舉為官，一律不取“偽學”之士。
慶元六年（1200年）三月初九，朱熹終于在建陽家里憂憤而死，享年七十一歲。臨死還在修改《大學誠意章》，可見他是如何矢志于樹立自己的理學，然而生前終未如愿。
朱熹的主要哲學著作有《四書章句集注》、《四書或問》、《太極圖說解》、《通書解》、《西銘解》、《周易本義》、《易學啟蒙》等。此外有《朱子語類》，是他與弟子們的問答錄。
哲學思想
■理氣論
朱熹繼承周敦頤、二程，兼采釋、道各家思想，形成了一個龐大的哲學體系。這一體系的核心范疇是“理”，或稱“道”、“太極”。朱熹所謂的理，有幾方面互相聯系的含義：①理是先于自然現象和社會現象的形而上者。②理是事物的規律。③理是倫理道德的基本準則。朱熹又稱理為太極，是天地萬物之理的總體，即總萬理的那個理。“太極只是一個理字”。太極既包括萬物之理，萬物便可分別體現整個太極。這便是人人有一太極，物物有一太極。每一個人和物都以抽象的理作為它存在的根據，每一個人和物都具有完整的理，即“理一”。氣是朱熹哲學體系中僅次于理的第二個范疇。它是形而下者，是有情、有狀、有跡的；它具有凝聚、造作等特性。它是鑄成萬物的質料。天下萬物都是理和質料相統一的產物。朱熹認為理和氣的關系有主有次。理生氣并寓于氣中，理為主，為先，是第一性的，氣為客，為后，屬第二性。
■動靜觀
朱熹主張理依氣而生物，并從氣展開了一分為二、動靜不息的生物運動，這便是一氣分做二氣，動的是陽，靜的是陰，又分做五氣（金、木、水、火、土），散為萬物。一分為二是從氣分化為物過程中的重要運動形態。朱熹認為由對立統一，而使事物變化無窮。他探討了事物的成因，把運動和靜止看成是一個無限連續的過程。時空的無限性又說明了動靜的無限性，動靜又是不可分的。這表現了朱熹思想的辯證法觀點。朱熹還認為動靜不但相對待、相排斥，并且相互統一。朱熹還論述了運動的相對穩定和顯著變動這兩種形態，他稱之為“變”與“化”。他認為漸化中滲透著頓變，頓變中滲透著漸化。漸化積累，達到頓變。
■格物致知論
朱熹用《大學》“致知在格物”的命題，探討認識領域中的理論問題。在認識來源問題上，朱熹既講人生而有知的先驗論，也不否認見聞之知。他強調窮理離不得格物，即格物才能窮其理。朱熹探討了知行關系。他認為知先行后，行重知輕。從知識來源上說，知在先；從社會效果上看，行為重。而且知行互發，“知之愈明，則行之愈篤；行之愈篤，則知之益明”。
■心性理欲論
在人性論上，朱熹發揮了張載和程頤的天地之性與氣質之性的觀點，認為“天地之性”或“天命之性”專指理言，是至善的、完美無缺的；“氣質之性”則以理與氣雜而言，有善有不善，兩者統一在人身上，缺一則“做人不得”。與“天命之性”和“氣質之性”有聯系的，還有“道心、人心”的理論。朱熹認為，“道心”出于天理或性命之正，本來便稟受得仁義禮智之心，發而為惻隱、羞惡、是非、辭讓，則為善。“人心”出于形氣之私，是指饑食渴飲之類。如是，雖圣人亦不能無人心。不過圣人不以人心為主，而以道心為主。他認為“道心”與“人心”的關系既矛盾又聯結，“道心”需要通過“人心”來安頓，“道心”與“人心”還有主從關系，“人心”須聽命于“道心”。朱熹從心性說出發，探討了天理人欲問題 。他以為人心有私欲，所以危殆；道心是天理，所以精微。因此朱熹提出了“遏人欲而存天理”的主張。朱熹承認人們正當的物質生活欲望，反對佛教籠統地倡導無欲，他反對超過延續生存條件的物質欲望。
■美學思想
朱熹的哲學體系中含有藝術美的理論。他認為美是給人以美感的形式和道德善的統一。基于美是外在形式的美和內在道德的善相統一的觀點，朱熹探討了文與質、文與道的問題。認為文與質、文與道和諧統一才是完美的。朱熹還多次談到樂的問題。他把樂與禮聯系起來，貫穿了他把樂納入禮以維護統治秩序的理學根本精神。朱熹對“文”、“道”關系的解決，在哲學思辨的深度上超過了前人。他對《詩經》與《楚辭》的研究，也經常表現出敏銳的審美洞察力。
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