曹學佺，字能始，號雁澤，又號石倉居士、西峰居士，福建侯官(今福州市)人。明萬歷元年(1573年)生。父曹極渠，賣餅為生。曹學佺自幼好學，萬歷十九年(1591年)中舉人，萬歷二十三年(1595年)成進士。會試時，策問“車戰”，答曰：“臣南人也，不諳車戰，請以舟戰論。”因而詳陳舟戰之法。考官張位奇其才，初定第一，因不能破例，改為第十名，授戶部主事。后張位被罷官，其門生故吏不敢前往看望，獨有曹學佺帶許多干糧趕往碼頭為之送行。事為執政所聞，遂摘取曹學佺會試卷中言論，斥為“險怪不經”，并借考核官員機會將曹學佺調為南京添注大理寺左寺正。在任閑職7年間，曹學佺精心研究學問。
萬歷三十七年(1609年)，曹學佺任四川右參政。當時，四川發生災荒，曹學佺設廠煮粥，賑濟饑民，又將饑荒情況繪圖上報，獲準發放300萬兩賑濟款，“蜀人詫為三百年未有之殊恩”。四川有行、坐二稅，行稅取自商賈，坐稅取自百姓。饑荒后百姓多逃亡，坐稅無所出，曹學佺以歷年行稅盈余抵作本年坐稅，使百姓免受追比之苦，而貪官污吏卻因少去搜刮機會而生怨。蜀王府毀于火災，蜀王要地方官籌資70萬兩修復，曹學佺援宗藩條例予以拒絕。四川道路險絕，曹學佺集資修復不少道路、橋梁，受到行旅的好評。萬歷三十九年(1611年)，曹學佺升任四川按察使。萬歷四十一年(1613年)考績，因得罪蜀王為其所謗，被罷職，蜀人遮道相送。是年，曹學佺回籍，在故鄉洪塘建石倉園，藏書萬卷。時常邀請文友，賦詩會文，談今論古，并創劇社“儒林班”，閩中文風因之昌盛。
天啟二年(1622年)，曹學佺被起用為廣西右參議。桂林宗室素來驕橫，常有不法行為，曹學佺執法不阿，遇宗室犯法者，即命主管官吏究治;又親自反復開導，使宗室肅然奉法。有人倚仗宗室勢力，私鑄錢幣，曹學佺嚴逮問罪，不稍寬縱，私鑄之風遂斂;錢局舞弊營私，兩年中贏利僅千余金，經曹學佺訂立制度，嚴加管束，一年獲利5000金。廣西少數民族眾多，官吏、差役敲詐勒索，駐軍責供給酒食，騷擾不已，經常激起民變。曹學佺對官吏、差役嚴加約束，改置營鎮于他處，嚴禁駐軍騷擾，局勢很快恢復安定。
天啟六年(1626年)秋，曹學佺遷陜西副布政使，尚未赴任，突生變故。事因其在所著《野史紀略》中直書萬歷四十三年(1615年)發生的“梃擊”案本末，魏忠賢黨羽劉廷之挾嫌劾之，謂“私撰國史，淆亂是非”。曹學佺被囚禁70天后削職為民，《野史紀略》書版被毀。
崇禎(1628～1644年)初年，曹學佺又被起用為廣西副使，但力辭不就。當時，福建沿海海盜猖獗，曹學佺建議當局在閩江口梅花、雙龜一帶屯兵并建碉堡、編居民，共同防守;又條陳機宜九事。當局采納其建議，海寇從此遠遁。曹學佺熱心故鄉公益事業，曾籌資疏浚城內外河道與西湖，并建造洪山、萬安、桐口3座橋梁。鄉人感其德，在洪山橋頭立祠塑像以祀。
崇禎十七年(1644年)，李自成起義軍攻入北京，明思宗自縊。曹學佺聞訊，投池自殺，為家人所救。次年，唐王朱聿鍵在福州即帝位，改元隆武。曹學佺進見，被授為太常寺卿，不久遷禮部侍郎兼侍講學士。以纂修《崇禎實錄》，進禮部尚書，加太子太保。當時諸事草創，朝中大事由曹學佺和大學士黃道周參決。隆武二年(1646年)，力贊隆武帝親征收復失地，因年邁不能從行，便捐銀萬兩助餉。同年八月，隆武帝親征失敗。九月十七日，清兵入福州城。十八日，曹學佺自縊于西峰里家中。家人檢視其遺物，在硯盒內留有遺墨：“生前一管筆，死后一條繩。”清乾隆十一年(1746年)，追謚忠節。
曹學佺先后兩次罷職，家居20年，一生勤于著述。曾謂：佛家有佛藏，道家有道藏，儒家豈可獨無，決心修儒藏與之鼎立。于是，采擷四庫書，分類編纂，歷時10余年，未完稿而明亡。其一生著書多達30多種，詩文總名《石倉全集》，其中《石倉十二代詩選》盛行于世。
萬歷二十三年(1595年)進士，授戶都主事。天啟間，官廣西右參議。因著《野史紀略》，遷陜西副使，未行，劉廷元彈劾他私撰野史，搖亂國章，遂被削籍。崇禎初，起為廣西副使，力辭不就。家居于“石倉園”中，著書20年。輯有《石倉十二代詩選》。仿道、佛二藏，欲修儒藏，明亡未成。與徐<*米勃狎主閩中詩壇，以博洽聞于當時。所藏數萬卷，儲于“汗竹齋”有《汗竹齋藏書目》。徐<*火勃記道：予友鄧原若、謝肇淛、曹學佺皆有書嗜，曹氏藏書則丹鉛滿卷，枕籍沈酣。著述甚多，其詩樸茂深遠。有《石倉詩文集》、《蜀中名勝記》、《易經通論》、《輿地名勝志》、《春秋闡義》等。
清乾隆十一年(1746年)，追謚“忠節”。著述30余種，詩文總名《石倉全集》，清代被編入《四庫全書》。
晚明的福建，一度也是書家畫人的搖籃，曹學佺以其才華名列“閩中十才子”之首。據稱，在林則徐的福州府第“七十二峰樓”的大堂中，懸掛的就是曹學佺的《貞松圖》。步作洗泉詩軸，行筆如行云流水、抑揚頓挫，得晉唐風尚，無嬌揉做作之態，顯露出溫婉敦和、落落坦然的君子氣象。
著名的對聯：“仗義半從屠狗輩，負心都是讀書人。”就出自曹學佺之手。
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