1999年5月15日 (農歷四月初一)，何厚鏵當選澳門特區首任行政長官。
1999年5月15日，中華人民共和國澳門特別行政區第一任行政長官人選在此間選舉產生，何厚鏵成為澳門第一位由澳門人自己選舉的澳門特區首任行政長官人選。
澳門特別行政區第一屆政府推選委員會第三次全體會議在澳門旅游活動中心舉行，199位澳門特別行政區第一屆政府推選委員會委員在何厚鏵、區宗杰兩位候選人之中作出抉擇，以無記名投票方式選出了第一任行政長官人選。國務院副總理、澳門特區籌委會主任委員錢其琛出席會議并講話。
錢其琛在會議開幕式上說，澳門特區第一屆政府推選委員會第三次全體會議將選舉產生澳門特區第一任行政長官人選。由澳門居民自己來選擇本地區的最高行政長官，是澳門以前從來沒有過的事情。此時此刻，全國各族人民和心系澳門的海外炎黃子孫都把關切的目光投向這里。
錢其琛說，由在澳門社會具有廣泛代表性的推選委員會來選舉產生特別行政區的第一任行政長官人選，是落實“一國兩制”、“澳人治澳”、高度自治方針的重要步驟，直接關系到澳門的長期穩定與發展。
他表示，從組建推選委員會，到以選舉方式提名第一任行政長官人選候選人，以及隨后舉行的答問會，始終嚴格按照基本法和全國人大的有關決定辦事，堅持公平、公正、公開、民主和廉潔的原則，堅持依靠廣大澳門居民的支持和參與，廣泛聽取澳門各界人士的意見，充分反映澳門社會的意愿。全體推選委員會委員的努力工作，表現出了對澳門、對國家高度負責的精神，贏得了澳門社會各界的廣泛贊揚。
在籌委會秘書長陳滋英對選舉事項作了說明后，上午10時40分開始投票，11時05分投票結束。總監票人報告共收回選票199張，同發出的選票數目相同，選舉有效。何厚鏵得票163張，區宗杰得票34張，棄權票兩張。
在熱烈的掌聲中，錢其琛宣布，何厚鏵當選為澳門特別行政區第一任行政長官人選。將由籌委會報請中央人民政府任命。
錢其琛在閉幕詞中說，經過澳門各界人士的積極參與和推選委員會諸位委員的認真努力的工作，中華人民共和國澳門特別行政區第一任行政長官人選的選舉工作已經圓滿完成。他向何厚鏵表示熱烈祝賀。
錢其琛指出，再過半年多澳門就要回歸祖國。這是中國人民和全世界矚目的大事，對澳門人來說更是一個新紀元的開始。各位委員肩負澳門居民的重托，參與了組建特別行政區的核心工作，并在工作中恪守職責，保證了推選行政長官人選工作的順利完成。他強調，大家在組建特區的工作中功不可沒。錢其琛還特別向另一位候選人區宗杰先生和其他參選人表示感謝，他們在澳門歷史重大轉折關頭表現出的承擔責任的精神令人欽佩。199位推選委員全部出席了今天的會議。會議由澳門特區籌委會副主任委員馬萬祺主持。在主席臺就座的還有籌委會副主任委員廖暉、王啟人、王英凡、吳福、曹其真和何鴻以及籌委會秘書長陳滋英。
大會結束后，何厚鏵先生舉行了記者招待會。他首先向推選委員、全澳市民、朋友和家人表示感謝，向區宗杰先生致意。他承諾，堅決落實“一國兩制”，嚴格執行基本法，竭盡全力服務澳門市民，使澳門平穩過渡，邁向繁榮進步。他希望大家同心協力，團結一致，自強不息，共同建設未來。
正在葡萄牙首都里斯本的澳門總督韋奇立在得知何厚鏵當選后發來賀電。他表示將予以充分的合作，使澳門實現平穩過渡。
2004年8月29日，澳門特別行政區行政長官何厚鏵在當選第二任行政長官候任人后舉行新聞發布會
胡錦濤2004年9月21日下午在北京中南海會見何厚鏵，對何厚鏵當選并被任命為澳門特別行政區第二任行政長官表示祝賀。