2003年4月24日 (農歷三月廿三)，全國防治非典型肺炎指揮部在京成立。
4月24日，溫家寶在全國防治非典型肺炎指揮部成立會上強調，成立指揮部是黨中央、國務院的重大決策。
2003年4月24日，中共中央政治局常委、國務院總理溫家寶在全國防治非典型肺炎指揮部成立會上強調，成立全國防治非典型肺炎指揮部是黨中央、國務院的重大決策，是加強非典型肺炎防治工作的重要組織保證。要加強領導，統一指揮，協調各方面力量，堅決打贏防治非典型肺炎這場硬仗。
中共中央政治局委員、國務院副總理、全國防治非典型肺炎指揮部總指揮吳儀主持會議并講了話。國務委員兼國務院秘書長、全國防治非典型肺炎指揮部副總指揮華建敏出席會議。
溫家寶指出，面對當前非典型肺炎防治工作的嚴峻形勢，我們要樹立必勝的信心。有黨中央的堅強領導，有幾個月艱苦努力積累的防治疫病的寶貴經驗，有改革開放以來形成的雄厚物質和技術基礎，有全國人民的支持，只要我們加強團結，共同奮斗，一定能夠戰勝這場疫病災害。他希望指揮部所有成員要以對人民高度負責的精神，迎難而上，不辱使命，不負重托，出色完成黨和人民交給的光榮任務。
溫家寶要求，指揮部要扎扎實實做好10個方面的重要工作：一是做好防治工作，準確統計并及時公布疫情，針對疫情采取有效的防治措施，及時總結經驗，提高防治效果；二是做好衛生檢疫工作，加強對車站、機場、碼頭、出入境口岸和汽車、火車、飛機等重點部位流動人員的衛生檢疫工作，采取果斷措施，切斷疫病傳播途徑；三是組織科技攻關，充分利用國內科研力量，積極開展國際交流與合作，盡快找到科學有效的防治方法；四是做好后勤保障工作，確保醫藥用品等各種物資和設備不斷檔、不漲價；五是把農村疫情的防治工作做在前面，摸清農村疫情，采取相應防治措施，對困難患者實行免費治療，對城市農民工就地救治；六是加強學校的疫情防治工作，充分發揮黨、團組織和教師的作用，關心師生身體健康，對患病學生要及時救治，維護學校的正常秩序；七是加強社會治安綜合治理，堅決打擊趁機造謠惑眾、哄抬物價等各種違法犯罪活動，維護群眾利益；八是大力宣傳黨中央和國務院的正確決策，宣傳傳染病防治法與防治知識，宣傳防治工作中的先進人物和先進事跡，樹立群眾的信心；九是加強國際合作，加強與世界衛生組織的合作，加強與香港、澳門特別行政區和臺灣地區的合作；十是把北京市防治工作作為全國的重中之重抓緊抓好。
吳儀對指揮部下一步工作作出了部署：一是各工作組要迅速行動起來，工作立即到位。抓緊制定詳細周密的工作方案和切實有效的工作措施。二是嚴格工作責任，嚴肅工作紀律。要層層建立責任制，絕不允許推諉扯皮、玩忽職守，否則要嚴肅追究有關領導和直接責任人的責任。三是密切配合，形成合力。指揮部各成員單位要樹立全局意識和大局意識，以高度的政治責任感和歷史使命感，團結協作，積極配合，相互支持、相互理解、相互補臺，共同做好工作。要積極主動地幫助地方解決防治非典型肺炎工作中的實際問題。
全國防治非典型肺炎指揮部由黨中央、國務院、軍隊系統和北京市的30多個部門和單位的人員組成，下設10個工作組和辦公室，衛生部常務副部長高強為防治組組長、質檢總局局長李長江為衛生檢疫組組長、科技部部長徐冠華為科技攻關組組長、發展改革委主任馬凱為后勤保障組組長、農業部副部長劉堅為農村組組長、中宣部常務副部長吉炳軒為宣傳組組長、公安部常務副部長田期玉為社會治安組組長、外交部副部長戴秉國為外事組組長、教育部部長周濟為教育組組長、北京市代市長王岐山為北京組組長、國務院副秘書長徐紹史為辦公室主任。