1998年3月11日 (農歷二月十三)，國務院計劃將醫院和藥房收入分開。
1998年3月，朱榕基總理在新聞發布會上將本屆政府要干的幾件事情概括為：“一個確保、三個到位、五項改革”。其中醫療制度改革是“五項改革”的第四項。
即將進行的醫療制度改革，實行醫院和藥房收入分開管理、分別核算的新機制。11月26日至27日，全國城鎮職工醫療保險制度改革工作會議在京召開，國務院副總理李嵐清說，要實行醫藥分開核算、分別管理制度，對“一人看病，全家吃藥”要采取措施。
醫藥要分家了，盡管許多醫院感到了一種從未有過的危機，但是對于廣大國人來說，這是一條令人歡欣鼓舞的好消息。近10年來，人們的工資上揚了10一20倍，可是醫藥費卻上漲了近100一200倍。20年前在醫院生一個孩子收費只不過十幾元，現在卻達一千到四五千元！實際情況是，中國人的醫療費是世界上最昂貴的。之所以造成這種局面，其中醫、藥不分家就難逃其咎。許多醫生濫開貴藥、好藥，甚至以物代藥，也不管病人能否接受。今年在南京市玄武區公安局查處的“王巧云8萬元醫藥費詐騙案”中，從幾家醫院開出的處方清單上可以看到：板鴨、皮蛋、香肚、瓜子、快餐面（100箱）、西洋參（3000克）、電飯煲、浴霸等等，應有盡有。
在醫藥分開這一重大改革還沒有正式開展前，許多醫院已經急病人之所急，實施了改革。1998年7月1日，鎮江市決定在市區兩級部分醫院開始實施藥品采購申報試點，并計劃組建藥品供應管理中心。