1988年12月7日 (農歷十月廿九)，長崎市長本島直言戰爭責任竟遭槍擊。
1988年12月7日，長崎市長本島在市議會答辯時，發表了認為昭和天皇有戰爭責任的見解。此后，右翼團體糾集數十輛宣傳車在長崎市政廳周圍和市內進行了多次騷擾。一度使長崎市內正常秩序受到破壞。市政廳辦公樓的玻璃也曾被槍彈打破。本島市長及家屬的人身安全受到威脅。本島市長多次受到人身攻擊和無端指責，并收到裝有子彈的恐嚇信。但日本的許多有識之士贊許他的見解和勇氣。他前后收到7300多封信，其中多數對他表示支持。為預防萬一，警方對本島市長采取全天保衛措施。到1989年夏天，本島市長要求除特殊情況可以解除保衛措施。
1990年1月18日下午3點5分左右，長崎市長本島等在市政廳門前乘車時，遭到一名暴徒槍擊，子彈從他身后左肩處穿透前胸。本島市長被立即送到醫院搶救，醫生說他尚無生命危險。暴徒乘車逃跑。
槍擊事件發生后，日本全國為之震驚，輿論嘩然。日本政府發言人、內閣官房長官森山說，犯人兇惡至極，給社會造成重大影響，期待盡早把犯人捉拿歸案，查清事件。支持本島市長見解的市民組織“要求言論自由長崎市民會”的代表、長崎大學教授巖松繁俊說，這是倒退到戰前恐怖時代的行為，實在令人震驚。本島市長發表認為天皇有戰爭責任的見解以后，我們征集了38萬人表示支持的簽名。這次槍擊事件證明日本的民主主義社會仍是淺薄的。與長崎市同遭原子彈之害的廣島市市長荒木武說，不論槍擊者持有什么想法，暴力手段是法治國家不能允許的，祈望本島盡快恢復健康。