1999年12月6日 (農歷十月廿九)，南疆鐵路全線開通運營。
1999年12月6日上午，我國西部邊陲重鎮新疆維吾爾自治區喀什市，汽笛聲聲長鳴，全長1446·37公里的南疆鐵路全線正式開通運營。中共中央政治局常委、全國人大常委會委員長李鵬專程前來出席慶祝大會，并為首趟列車開行剪彩。
南疆鐵路的修建，是黨中央、國務院高瞻遠矚，為實施西部開發戰略提前布下的棋子。開發西部，首先需要修路。70年代初期，周恩來總理親自審查了南疆鐵路的設計方案，1971年，南疆鐵路動工修建，1984年8月30日，南疆鐵路通車到庫爾勒，結束了南疆沒有鐵路的歷史。90年代以后，南疆鐵路庫爾勒至喀什段建設（簡稱西延工程）列入國家“九五”計劃。1998年12月8日，江澤民總書記為南疆鐵路建設者題詞：“修好南疆鐵路，造福各族人民。”
1993年10月，鐵道部第一勘測設計院的上千名勘測設計人員開進茫茫戈壁灘，在4年時間內，踏遍南疆的千山萬水，僅畫出的圖紙就有66噸，選出了優化路線。1996年4月，南疆鐵路西延工程列入“九五”計劃重點工程后，鐵道部向銀行貸款25億元籌集起建設資金，調集起精兵強將；7月6日，南疆鐵路建設指揮部成立，1萬多名鐵路建設大軍揮師西進。
南疆鐵路東起吐魯番，跨越天山，在世界聞名的塔克拉瑪干大沙漠北緣，沿著古絲綢之路奔騰向前，直奔千年古城喀什。全長1446．371公里。其中，吐魯番至庫爾勒段已于1984年建成并交付運營，全長476．49公里。這次開通的為庫爾勒至喀什段工程，全長969．881公里，總投資63億元人民幣，是國家“九五”重點建設項目，于1996年9月6日開工，今年5月鋪軌到達喀什市，歷時3年零3個月。