1996年12月13日 (農歷冬月初三)，科菲·安南當選為聯合國秘書長。
本月安理會主席富爾奇向在安理會走廊等候的各國記者宣布安南當選的消息
1996年12月13日晚，聯合國安理會以鼓掌方式通過決議，正式推薦非洲加納籍的科菲·安南出任新一屆聯合國秘書長，任期至2001年12月31日。12月17日聯大全體會議將通過這項任命。至此，歷時半年的聯合國秘書長人選問題總算有了結果。
聯合國憲章規定，秘書長由安理會推薦、聯合國大會任命。除此之外，對秘書長的任職條件再也沒有更詳細的規定。但由于各國的默契，達成了幾項共識：即秘書長不得來自常任理事國；會說英、法兩種語言；輪流來自各地區；每位秘書長均有連任一次的機會。從歷史上來看，除第一任秘書長賴伊因蘇聯的反對、（）第二任秘書長哈馬舍爾德在赴剛果（今扎伊爾）調停沖突途中遇空難喪生而未能完成第二任期外，其他來自歐、亞、南美洲的三位秘書長均任滿二屆。因此按慣例，來自非洲的加利秘書長也應當享有這項權利。但由于美國和加利在處理索馬里、波黑問題時發生矛盾，而加利對美國拖欠聯合國會費又提出直率批評，美國共和黨乘機利用聯合國秘書長是否連任的問題作為美國大選的政治籌碼，迫使克林頓政府將加利推上美國政治的祭壇。6月初，美在未與其他四個常任理事國磋商的情況下，率先透過新聞界表示不支持加利連任下屆秘書長。但加利于6月19日在德國宣布正式參加競選連任。從此加利與美國的矛盾公開化。
為達到阻止加利連任的目的，美國對非洲展開了一系列的分化、瓦解工作。克林頓政府曾派助理國務卿、國務卿前往非洲游說，但收效甚微。7月9日，非洲統一組織首腦會議發表聲明，支持非洲人繼續出任聯合國秘書長并推薦加利競選連任。11月19日，安理會正式投票，對埃及等國提名加利連任下一任秘書長的決議草案進行表決，結果美國行使了否決權。但安理會同時作出決定，由非洲集團繼續提出一名非洲候選人。非洲統一組織主席、喀麥隆總統比亞也致函非洲各國，要求盡快提出新候選人。為打破僵局，加利宣布暫時中止候選人資格，以便讓非洲各國提出更多候選人。此后非洲國家分別提名來自加納的現任聯合國副秘書長科菲·安南，第四十九屆聯大主席、科特迪瓦外長埃西，伊斯蘭會議組織秘書長哈米德·加比德，毛里塔尼亞前外長阿卜杜拉作為新候選人。安理會對四名候選人進行了多輪投票。雖然安南的支持率一直領先，但至少有兩票反對，其中包括一個常任理事國的否決票，而其他三位候選人至少遭到兩個常任理事國的否決，致使新秘書長人選再次出現僵局。由于非洲國家堅持下一任秘書長必須來自非洲，如果僵局繼續持續下去，不利于實現這個目標。在這種情況下，來自非洲的三個安理會成員國埃及、博茨瓦納、幾內亞比紹均支持安南作為正式候選人。12日中午第七輪秘密投票時，安南的支持票上升到14張，僅有一個常任理事國投否決票。13日中午安理會繼續開會，在其他三位候選人宣布放棄競選的情況下，15個成員國未再投票就順利達成一致。
此次選舉，非洲最終能夠協商一致、團結合作，對選舉結果起了關鍵的作用。中國在其中發揮了獨特的平衡作用。由于中國始終堅持下任秘書長必須來自非洲，這個立場對安理會其他成員國產生了直接影響。雖然個別國家曾揚言，如果非洲國家不能提出加利的替代人選，將毀掉非洲人連任機會。但在安理會的正式磋商中，沒有一個國家提出非洲以外的人選。
安南1938年4月8日出生于加納庫馬西市，早年就讀于加納庫馬西理工大學，曾到美國和瑞士留學，先后獲美國明尼蘇達州麥卡萊斯特學院經濟學學士學位和麻省理工學院管理學碩士學位。從60年代起，他先后在聯合國非洲經濟委員會、聯合國總部以及聯合國的日內瓦辦事處、難民署和世界衛生組織等部門工作。1974年中東“十月戰爭”后，他出任聯合國駐開羅的緊急部隊民事長官。80年代，安南調回聯合國總部紐約，先后擔任人事和財政部門的領導工作，1986年出任聯合國助理秘書長。1993年3月他任聯合國負責維持和平事務的副秘書長，總管全球的維和行動，曾作為負責前南地區的聯合國秘書長特使和赴北約特使，協調有關國家的關系。
安南是位經驗豐富的外交家，懂英語、法語和幾種非洲語言。
前任秘書長加利（右）與安南握手，對他的當選表示祝賀。他們的身后是聯大主席拉扎利。
安南在白宮新聞發布會上講話
上任第一天
12月17日，安南第一次在聯合國大會上發表講話。
在聯合國總部的辦公室中