運作風險指的是證券公司從業人員的行為風險，它包括主管人員的決策行為到經紀人的銷售行為，以及交易員的執行為等。
目前有越來越多的券商開始推出專業經紀人服務制（或稱“客戶經理制”），經紀人制的經營方式，在很大程度上擴大了經紀人的業務活動范圍，也擴大了經紀人和客戶之間往來的途徑。舉例來說，經紀人張三去客戶李四的辦公室收一筆10萬元的交易款存入李四在該證券公司的賬戶中。這一簡單而又經常發生的業務行為，如果沒有一個好的監管制度，其風險極大。因為張三可能會少存、晚存，甚至不存，而李四也有可能多報，甚至由這筆款的交易引發股票虧損。一旦事情發生，承擔法律責任的首先是證券公司。再舉例來說，一個老客戶電話口頭下單交易，事后由于股票價位下跌而不承認該筆交易，這該該如何解決？當然，這些還只是運作風險中的一部分。
運作風險不同于市場風險，它是可以控制的，甚至在很大程度上是可以避免的(當然無法100％的避免)。為此，讓我們了解一下美國證券公司控制運作風險的方法:
(1)建立一套可行的自律監督系統，其原則是自己監管自己，發生問題及時上報，業務行為備案，監管職責分明。公司的每個員工定期要完成業務相關的自我監督表格，并簽名存檔3～10年以備抽查。這種方式可達到兩個目的:第一，常常提醒每位從業人員有關的職業規矩；第二，萬一發生事件，有案可查，有人可究。
(2)以制度管理人的行為，而不是以人的主觀意志去管理人的行為。公司建立嚴密的崗位任職制度，一切按制度執行，沒有網開一面或視人而定的行為。甚至在某種程度上，對于老員工以及管理人員的要求更嚴，并對他們強制要求定期再培訓，以適應新制度的執行。美國證券業的業務主管必須經過考核取得相關的主管執照,每個從業人員有終身制的“職業監督檔案”。
(3)嚴密的內部督察。證券公司采取“定期”和“不定期”、“定向”和“隨機”、“層次型”與“矩陣型”的抽查方法進行監督。“定期”和“不定期”、“定向”和“隨機”保證了員工必須時時刻刻按“規則”做事，杜絕了僥幸心理；層次型的監控可以明確責任到位，快速解決發生的問題；而“矩陣型”的監控避免了部門內部互相“包瞞”的可能性，達到了整個公司部門之間監控和責任到位的效果。如果在抽查中發現文件缺失或其他問題，少則罰款，多則開除。
(4)業務操作標準化。在今天的業務種類眾多的美國證券公司中，幾乎各項業務的操作都有其標準，這不單包括業務表格，業務流程，問題處理、業務宣傳材料、甚至業務上的語言表達都在一定程度上標準化。這在某種程度上既減少了員工的工作量，也提高了監管的效率，降低了“運作風險”。舉例來看：在上面我們提到的張三去李四處提取現金的時候，張三必須在收到現金的同時，給李四提供標準的“現金收據”,上面寫明什么時候，收到誰的多少現金，存入賬號，雙方簽字，并且一式四聯，客戶、經手人、分部、總部各一聯。而張三在收到現金的當天或第二天必須將它和兩聯“現金收據”交回公司，否則算嚴重違規。我們再來舉例：如果經紀人寄出同樣的信函或資料給三位以上的客戶，就必須得到主管批準，并存檔。所以，證券公司準備了各種不同的標準信函和銷售資料供經紀人使用。
(5)充分利用電腦技術實時監控運作風險。毫無疑問，美國證券業前20年的業務高速發展，信息技術起了極大的作用。目前，除了各個公司自己開發應用軟件以外，在市場上，CSS公司提供集中交易、客戶管理、風險監控、行為監控、產品開發等全部業務功能為一體的SABIL應用系統，為眾多的券商提供了業務發展和風險控制的可能性。這些應用系統不但可以監控從業人員的行為，甚至可以監控和分析客戶的投資行為，從而為更完美地控制運作風險以及信用風險提供了可能。
(6) 行為準則公開化，與客戶監督相結合。有關和客戶業務往來的準則，證券公司不僅要讓員工知道，也要讓客戶了解，客戶是最好的業務督察員。美國的投資者在證券公司開戶后，會收到一份資料解釋他(她)的權益、責任和該證券公司的行為準則。這樣做不但起到了客戶監督的作用，降低了運作風險，也提高了客戶對證券公司的信任度。
證券業務是一項最人性化的產業，也就是因為這一點,其風險的復雜性遠遠超過銀行和保險業。它的運作風險無時不有，無處不在，哪怕你關閉市場，它還是存在。因此管理人員在研究市場以外，更多的還要研究人的行為。所以，中國的證券業當務之急是要建立一套適合這個市場、適合投資者、適合公司業務的自律監管系統， 這樣才能在發展中避免發生運作風險以及控制其他的風險。否則，業務發展越大，問題越多，風險越高。
