水生環境中的絲狀菌多數有衣鞘，如球衣菌屬、纖發菌屬、發硫菌屬、亮發菌屬、泉發菌屬等絲狀體表面的粘液層或莢膜硬質化，形成一個透明堅韌的空殼，叫衣鞘。
莢膜、粘液層、衣鞘和菌膠團對染料的親和力極低，很難著色，都用襯托（負染色）法染色。
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